「内部通報窓口」をどのような形で設置するのか、については企業の自由な判断に任せられているところですが、内部通報窓口もただ設置するだけでは何の意味もありません。
よくあるケースとしては、①そもそも社員（事例によっては役員が）通報窓口の存在や、通報窓口の意味を十分に認識できていない、②通報窓口の運用のルールが曖昧であり、通報を受けた側が速やかに対応できない、③通報窓口の利用に関して明確な規定がないことから、通報する側の従業員としても利用に躊躇が生じる（会社側がしっかりと対処してくれない，とか，裏で実質的なペナルティ（嫌がらせ）を受けるのでは，という印象が存在する），ということです。
せっかく，従業員が勇気を持って通報制度を利用しても，肝心の改善策につなげられないと失望します。
また、心理的なリスクを負ってまで通報したのに，無意味になるとせっかく内部通報窓口を設置しても利用したくないと思ってしまいます。
内部通報規定を作成することで、企業がコンプライアンス経営の強化に真摯に向き合っていることを従業員に示すことができます。また、ルールを明確化することにより、通報窓口の利用が促進され、風通しのよい職場環境を形成することにもつながります。

内部通報規定には大きく分けて以下の４項目が必須になります。
　①内部通報規程の策定目的
　②内部通報処理体制
　③内部通報の処理方法
　④関係者の責務
　
（１）①内部通報規程の策定目的
　ここには、企業がコンプライアンス経営を強化するための一環として、内部通報窓口を設置すること、企業として従業員等に利用されやすい内部通報窓口の運用を心掛けること等を明記する必要があります。
（２）②内部通報処理体制
　ここには、通報窓口の責任者、担当者、通報窓口の設置場所（企業内に設置するのであれば、どの部署に置くのか、外部の機関に運用を委託するのであれば委託先機関）、通報者の範囲、通報対象行為、情報共有の範囲等を明記する必要があります。
　通報者の範囲に関して、典型的には従業員からの通報を予定されています。もっとも、企業内での不正行為を大事に至る前に把握し、解決するという内部通報窓口設置の趣旨を実現させるためには、従業員のみでなく、役員やさらには退職者等からも広く相談・通報を受け付けることも望ましいこともあります。その他に、従業員親族、特に取引の多い関係会社まで含めるか否かもケースバイケースで判断していく必要もあります。
　
（３）③内部通報の処理方法
　ここには、相談方法（メール、ファックス、電話）、通報内容の検討方法及び期間、追加調査の方法、通報者へのフォロー体制等を明記する必要があります。
　
（４）④関係者の責務
　通報・相談業務に携わる企業関係者の責務を明記し、従業員が安心して通報窓口を利用できることを保証する必要があります。
　そのため、ここには、通報者が相談又は通報したことを理由としていかなる不利益も受けないことを保証する内容の規定、通報者の職場環境が悪化することのないような措置を講じることを明記する必要があります。
　また、相談内容についての秘密保持義務、個人情報の保護を徹底する旨明記する必要があります。